宏基因组测序
宏基因组测序，是指利用高通量测序技术，以某一特定环境中微生物的基因组为研究对象，采用生物信息学的分析方法，研究微生物的多样性、微生物的群落结构，探索微生物的潜在功能以及与环境之间的互作关系。与传统的微生物组研究方法相比，宏基因组测序技术突破了有些微生物不可培养的瓶颈，能够快速高效地获取整个微生物群落的基因组信息，因此近年来该技术在各种环境微生物学研究中得到了广泛应用。
测序平台与策略
采用Illumina测序平台，PE150的测序策略
技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示
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| 生物信息分析流程 |
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| 物种对代谢通路贡献度Fishtaco分析 |
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| 耐药基因各分类的分布图 | MGS丰度热图 |
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| CAZy基因家族与物种信息对应的Circos分析 | KEGG代谢通路可视化分析 |
应用领域
宏基因组测序适用于以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、基因功能及相关代谢通路等。目前已广泛应用于以下领域：
1. 医学领域：疾病与人体微生物间关系，如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等；
2. 畜牧领域：肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系；
3. 农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；
4. 环境领域：某一特定环境（雾霾、沙尘等污染环境，住宅、商场等生活环境）的微生物群落组成，有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布、基因功能及代谢网络等；
5. 特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究。